Город Юкайа был основан в 1856 году, а спустя три года получил право называться столицей округа Мендосино – одного из 27-ми округов, вошедших в состав штата Калифорния с момента его образования в 1850 году.

Своим испанским названием округ обязан одноименному океанскому мысу, который был открыт в 1542 году во время экспедиции Хуна Родригеса Кабрильо, снаряженной по приказу тогдашнего испанского наместника Дона Антонио де Мендоза.

В 1860 году в Юкайе была возведена первая каменная постройка – здание окружного суда, где он находится и по сей день. Любопытно, что строительство здания, находящегося посреди большого магнолиевого парка, обошлось в 9 тысяч долларов, а на его реставрацию в 1950 году было потрачено примерно 800 тысяч. Еще одной исторической достопримечательностью Юкайи является широтная обсерватория, открытая в 1899 году в числе шести станций Международной службы широты (ныне Международной службы движения полюсов), которые были построены на 39 параллели в разных частях северного полушария планеты. В обсерватории Юкайи начинали свою научную карьеру такие выдающиеся астрономы, как Фрэнк Шлезингер, Фердинанд Нейбауэр, Уильям Мейер.